汚水を吸い上げた後に「ボンッ」と音がするのは正常ですか？

さようでございます、正常です。
ロボット掃除機は汚水タンクの空気を圧縮し、気圧差を利用して汚水を吸い上げる仕組みになっています。最後に「ボンッ」と音がするのは、気圧が解放される音であり、問題ありません。